水圏生態系、特にサンゴ礁等の浅海域生態系の気候変動や人工化学物質などの人間活動の影響評価や作用メカニズムの解明を各種の先端的テクノロジーを用いて行い、それらを基盤とした生態学的立場から環境保全・管理に関する教育研究を行っています。
水族保全学研究室は、保全生物学、なかでも遺伝学的手法を用いた水族（水生動物）の保全に関する教育・研究を目的としています。また、養殖魚の育種学的研究、放流魚の遺伝的管理・追跡および水族の繁殖生態の解明を行っています。
海をフィールドとして食料を生産する養殖は、人類へのタンパク供給手段として重要であることは間違いありません。しかし、現在日本で行われている魚類養殖は、エサの主要な原料として、天然の魚を用いており、魚で魚を育てるという矛盾に満ちたものです。私たちの研究グループは、養殖を環境にやさしい持続可能な食料生産の方法とするために、エサの主原料を魚から、廃棄物から生産できる昆虫に置き換える技術の開発や、魚の生理を制御することによる超効率な養殖技術の開発を目指しています。
海洋環境中の微生物群集のもつ機能や生物間相互作用の実態を調べ、生態系や自然環境の維持におけるその役割や環境変動との関わりを探る研究をしています。
将来の環境悪化の防止や持続可能な生態系の保全のためには、多様化する化学物質汚染の監視・早期発見、モニタリング技術の開発、リスク評価、影響予知システムの構築が必須です。私たちの研究室では、わが国でいち早くPCB汚染、ダイオキシン汚染を明らかにした研究実績とノウハウを活かして、化学物質の潜在的なリスクを監視・評価・予測し、ヒトの健康や生態系を守る研究活動を展開しています。
研究対象は生物生存のインフラである水環境と土壌環境です。これらの環境で起きる問題や汚染のメカニズム(仕組み)を分子レベルで調べること、そして汚染環境を修復できる新しい方法の確立を目指しています。とくに、特異な能力を持つ微生物を環境修復に利用する研究を進めています。
本研究室では「環境に関わる分析・対策技術の研究開発と教育を通して、地球規模の保全と人材育成に貢献する」をビジョンとして、地球環境の保全ならびに循環型で持続可能な社会構築に資する技術の研究開発と実用化、人材教育を行っています。
人類は太古から衣食住のための資源を得るために、どんな生物が、いつ、どこに、どれくらい存在し、それはなぜなのか？ という分布と数量の機序について考察しながら暮らしてきた。農生態学（Agoecology)では、田畑を中心に構成された里山環境における個体群（種の集団）、群集（種のつながり）、生態系（生物要因と物理化学的要因の相互系）を解き明かしながら科学的に保全し、資源利活用の多様性のあり方を探求する。
